شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq

در این پژوهش، به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus)، از داده‌های RNA-Seq استفاده شده است. توالی‌های SSR به عنوان نشانگرهای مولکولی قدرتمند برای مطالعات ژنتیکی جمعیتی، تنوع زیستی، اصلاح نژادی و تعیین خویشاوندی در میان گونه‌های مختلف مورد توجه قرار گرفته‌اند. این پژوهش به بررسی و تحلیل داده‌های RNA-Seq ماهی گطان به منظور شناسایی SSRها و اعتبارسنجی مکانیکی آن‌ها از طریق PCR و بررسی الگوهای تکرار در نمونه‌های جمعیتی مختلف می‌پردازد.

مواد و روش‌ها: داده‌های RNA-Seq از نمونه‌های بافتی ماهی گطان جمع‌آوری شده و برای شناسایی SSRها از نرم‌افزارهای تخصصی تجزیه و تحلیل توالی استفاده شده است. پس از شناسایی SSRها، نشانگرهای مخصوص برای تعدادی از SSRهای انتخابی طراحی و از طریق PCR برای اعتبارسنجی استفاده شده‌اند. سپس، تنوع و توزیع SSRها در نمونه‌های مختلف جمعیتی مورد ارزیابی قرار گرفته است.

نتایج: در این مطالعه، تعداد قابل توجهی از SSRها شناسایی شده‌اند که برخی از آن‌ها دارای ویژگی‌های منحصر به فرد برای ماهی گطان هستند. اعتبارسنجی نشانگرها نشان داد که بیشتر SSRهای شناسایی شده دارای تکرارپذیری و تخصصی بالایی در نمونه‌های جمعیتی مختلف ماهی گطان هستند. تحلیل تنوع زیستی نشان داد که SSRها می‌توانند به عنوان ابزار مؤثری برای مطالعات ژنتیکی جمعیتی، تنوع زیستی و برنامه‌های اصلاح نژادی در ماهی گطان استفاده شوند.

بحث و نتیجه‌گیری: نتایج این پژوهش نشان دهنده اهمیت و کاربردی بودن توالی‌های SSR به عنوان نشانگرهای مولکولی در مطالعات ژنتیکی و اصلاح نژادی ماهی گطان می‌باشد. شناسایی و اعتبارسنجی این نشانگرها از طریق داده‌های RNA-Seq، راه را برای تحقیقات آتی در زمینه بهبود تنوع زیستی و اصلاح نژادی ماهی گطان و سایر گونه‌های ماهی همراه با فن‌آوری‌های نوین ژنتیکی هموار می‌سازد.